Geenitestaus (polymyosiitti, ENM, vWd)

Kooikerhondjen perinnöllisten sairauksien geenitestaus tehdään Hollannissa. Lomake tilataan Hollannista täyttämällä linkin nettikysely: Qualtrics Survey | Qualtrics Experience Management (uu.nl) Kyselyn täyttämisen jälkeen saat sähköpostiisi lomakkeen. Tulosta lomake, täytä se ja ota mukaan eläinläärille. Eläinlääkäri ottaa koirasta Suomessa verinäytteen, joka lähetetään Hollantiin analysoitavaksi. Lomakkeella on tarkemmat ohjeet näytteenotosta ja näytteen postituksesta. Koska kyseessä on virallinen terveystutkimus, tulee koiran rekisteritodistus olla mukana näytteenotossa. Toivomme, että annat luvan geenitestitulosten julkaisuun kooikkereiden tietokannoissa, jotta tulokset olisivat käytettävissä kooikkereiden jalostuksessa.

Geenitestit tehdään Utrechtin yliopistossa Alankomaissa, testauskuukaudet ovat tammikuu - maaliskuu - toukokuu - heinäkuu - syyskuu - marraskuu. Utrecht lähettää sähköpostitse ensin tiedon tuloksista ja myöhemmin laskun tutkimuksista, kun on tehnyt analyysin ja toimittanut tulokset. Kannattaa siis tarkkailla myös sähköpostin roskapostilaatikkoa siltä varalta, että tulokset / lasku menee sinne.

VWD-testauksesta kannattaa huomata, että Suomessa rekisteröityjä, Suomessa jalostukseen käytettäviä kooikerhondjeja ei lähtökohtaisesti tarvitse vwd-testata, koska koirat ovat geneettisesti vwd-vapaita. Jos olet epävarma oman koirasi vwd-statuksesta, sen voi tarkistaa jalostustoimikunnalta osoitteesta jalostus@kooikerhondje.fi. Ulkomainen jalostuskäyttö saattaa edellyttää koiran omaa vwd-testiä.

Pentujen pikatestaus ennen luovutusta

Koska pitkän tähtäimen tavoitteena on vähentää myosiittikantajia populaatiossa, Hollannin yhdistys tarjoaa kasvattajille mahdollisuuden tarkastaa pentujen polymyosiittitulos ennen luovutusikää. Tällöin kasvattaja voi valita potenttiaalisista pennuista jatkoon PM-vapaan yksilön.

Näyte on poskisolunäyte, jonka eläinlääkäri voi ottaa sirutuksen yhteydessä jo reilusti ennen luovutusikää. Saat tilattua harjat Utrechtin yliopistosta sähköpostilla ecgg@uu.nl. Näytteen saavuttua Utrechtiin, saat tuloksen 2 viikon sisällä.  

Lisätietoa: FAQ Fit2Breed » Vereniging Het Nederlandse Kooikerhondje

Mistä löytyy kooikkereiden geenitestitulokset?

Fit2breedistä löytyy ENM, vWd ja polymyosiitti-tulokset, mikäli omistaja on antanut luvan niiden julkaisuun webbilomakkeella testiä tilatessaan.

ClubRegisteristä ja ZooEasystä löytyy ENM-testitulokset, kunhan ne on sinne välitetty. Huom! ENM-tulokset eivät mene automaattisesti Hollannin rotuyhdistyksen Clubregisteriin. Skannaa ja lähetä enm-testitulos osoitteella jalostus@kooikerhondje.fi. Muita geenitestituloksia ei lisätä ClubRegisteriin.

Lisätietoa näiden tietokantojen käytöstä ja linkit palveluihin löytyvät Kasvattajainfo-sivulta.

Monimuotoisuuden testaaminen - Embark

EMBARK on varsin samankaltainen mydog DNA:n ja Wisdom Panelin kanssa, jossa koirista skreenataan useita erilaisia sairauksia ja piirteitä ja ominaisuuksia (ennustettu koko, turkin väritys, turkin laatu). Tutkimus tehdään poskisolusta, joka otetaan harjanäytteellä koiran suusta. EMBARKista saa monisivuisen raportin. Sen avulla on tehty myös kooikerhondjen geneettisen monimuotoisuuden kartoitusta. Testin tulosten avulla fit2breed ohjelma voi tulevaisuudessa tarjota kasvattajalle mahdollisimman eriperimäisiä yksilöitä suhteessa kasvattajan omaan narttuun. Geneettisen monimuotoisuuden vaalimisen avulla pidetään rotu mahdollisimman elinvoimaisena ja terveenä. Sukusiitosprosentti ei kerro geneettistä monimuotoisuutta, lähisukulaiset voivat olla geenistöltään hyvinkin erilaisia kun taas hyvin etäiset sukulaiset saattavat olla varsin läheisiä geenistöltään.

VHNK on saanut neuvoteltua sopimushinnan EMBARK-testille. Käytännön ohjeet testaamiseen:

• Testi kannattaakin tilata VHNK:n kautta täyttämällä lomake: Qualtrics Survey | Qualtrics Experience Management (uu.nl).
• Saat muutaman viikon kuluessa näytteenottopaketin (poskisoluharjan, näyteputken, lähetelomakkeen ja palautuskuoret) ilmoittamaasi osoitteeseen.
• Virallisen tuloksen saadaksesi eläinlääkärin on otettava poskisolunäyte. Vain viralliset tulokset tallennetaan jalostuksen tukena olevaan Fit2breed -tietokantaan.
• Kun eläinlääkäri on ottanut näytteen, näyte postitetaan Yhdysvaltoihin mukana tulleessa palautuspussissa.
  HUOMAA! Suomesta postitettaessa
  • postimaksu on maksettava itse ja kuoreen on myös liimattava tullausta varten tarra, jossa tiedot lähetyksen sisällöstä ja arvosta. Tarroja saa postista.
  • tullauksesta on myös tehtävä itse sähköinen ilmoitus: https://www.posti.fi/fi/henkiloille/kirjeet-ja-postipalvelut/laheta-kirje-tai-kortti/kirjeet-ja-kortit-ulkomaille/ulkomaan-kirjeen-sisallon-rekisterointi
• Muutaman viikon päästä saat sähköpostiin viestin, josta pääset katsomaan koirasi testien tulokset Embarkin palvelusta.
• Myöhemmin Utrecht lataa suoraan Embarkilta tulokset Fit2breediin eikä tämä vaadi sinulta toimenpiteitä kunhan olet antanut luvan tulosten käyttöön.

Yhdistys jatkaa kooikerhondjien DLA-monimuotoisuuden kartoittamisen tukemista siten, että vuonna 2012 tilatuista ja tilattavista DLA-analyysistä korvataan 70 euroa (eli koko hinnasta noin 50 %) seuraavin edellytyksin:

• kyseinen kooikerhondje on rekisteröity Kennelliiton rotukoirarekisteriin (SF, FIN, FI, EJ)
• analyysi tehdään Genoscoperilla, joka toimii yhteistyössä Hannes Lohen koirangeenipankin kanssa
• tutkimustulos on julkinen ja sen saa julkaista yhdistyksen nettisivuilla sekä rodun Clubregisterissä
• korvauksen saamiseksi yhdistyksen sihteerille lähetään sähköpostilla (tai perinteisessä postissa) Genoscoperin lasku, kopio maksukuitista ja DLA-tulospaperi sekä omistajan yhteystiedot ja tilinumero (muistattehan, että tilinumerot ovat nykyisin FI-alkuisia).
• korvauksia ei makseta ulkomaille
• korvauksen saaminen ei edellytä yhdistyksen jäsenyyttä.

Vuoden 2013 osalta ratkaisut tehdään yhdistyksen vuosikokouksessa keväällä 2013. Toisin sanoen jalostustoimikunta tekee yhdistyksen hallitukselle esityksen, joka hallitus vie vuosikokouksen käsiteltäväksi. Vuosikokouksessa yhdistyksen jäsenistö päättää DLA-tutkimuksen jatkamisesta tai esimerkiksi mahdollisesta korvausehtojen muuttamisesta. Tämä tarkoittaa sitä, että ennen vuosikokouksen linjausta vuonna 2013 tilattuja DLA-analyysejä ei makseta yhdistyksen varoista. Jos siis olette aikeissa tilata DLA-analyysin, tilaus kannattaa tehdä tämän vuoden puolella.
 
Yleistä lisätietoa DLA-tutkimuksesta löydät *täältä* ja tutkimuksen tuloksista kooikerhondjeilla *täältä*.

Kooikerhondjien DLA-monimuotoisuuskartoitus tehtiin ajalla 2011-2013. Rodulta on löydetty kahdeksan eri haplotyyppiä. Uusia tuloksia päivitetään sivuille enää vanhempien tulosten perusteella, uusia testejä ei enää tehdä.

Jokaisella koiralla on aina kaksi haploa, joista toisen se on perinyt emältään ja toisen isältään. Haplot eivät ole sukupuolisidonnaisia. Yhden koiran haplot voivat olla keskenään erilaisia (heterotsygootti) tai keskenään samaa tyyppiä (homotsygootti). 

Alinna olevassa taulukossa tulokset on esitetty koirakohtaisesti. Koirien nimet ovat linkkejä KoiraNetiin, josta löytyvät koirien sukutaulut. Taulukosta käy ilmi, että erityisesti ensimmäinen tyyppi on Suomen populaatiossa erittäin yleinen. Lisäksi taulukossa on esitetty * merkillä merkittynä kaikki ne koirat, joiden toinen tai kummatkin haplot ovat tiedossa vanhempien ja/tai jälkeläisten tulosten perusteella. Sivun alalaidassa on ppt-esitys DLA-tutkimuksesta, josta löytyy mm. yhteenveto haplojen yleisyydestä. 

Miksi kartoitukseen ryhdyttiin?

Kooikerhondjeilla on erityisesti rodun varhaisessa jalostushistoriassa käytetty hyvin voimakasta sisäsiitosta. Rodun perimän monimuotoisuus on tarpeen selvittää, jotta monimuotoisuus voidaan turvata nykytasollaan. Yleisemmin ajatellen kaikkia jalostuslinjoja ja eri sukuja tulisi käyttää mahdollisimman laajasti jalostukseen ja mahdollisesti jopa suosia harvinaisempien haplotyyppien koiria.

MHC-alueen geenit, joita koiralla kutsutaan nimellä DLA, vastaavat sekä koiran omien kudosten että vierasaineiden tunnistamisesta. Tässä tutkimuksessa tyypitetyt geenit koodaavat proteiineja, jotka osallistuvat puolustusreaktion alkuvaiheeseen. Ne tunnistavat ja esittelevät erilaisista vierasaineista pilkottuja osia muille puolustusreaktioon osallistuville soluille. Koska tunnistettavien vierasaineiden määrä on suuri, on tärkeää, että sekä yksilöllä, että populaatiossa säilyy keskenään erilaisia DLA-muotoja.

Fit2Breed

Utrechtin yliopisto on yhteistyössä Alankomaiden kooikerhondjeyhdistyksen (VHNK) ja myöhemmin myös Alankomaiden valtion kanssa toteuttanut kooikerhondjen geneettisen monimuotoisuuden ja elinvoimaisuuden sekä terveyden tukemiseksi tietokannan. Hollannin valtio tuli mukaan tukijaksi hankkeeseen vuonna 2022. Tietokantaan on lisätty kaikki maailman rekisteröidyt kooikerhondjet, ja tietokanta päivittyy koko ajan. Vuoden 2022 loppupuolella julkaistiin tietokannan beta-versio, joka on ilmainen ja avoin kaikille halukkaille. Tietokannasta on mahdollisuus jäljittää koiran koko suku täysillä tiedoilla kantakoiriin asti. Ohjelman avulla voidaan tehdä koeparituksia. Ohjelmaan on syötetty koiran geenitestien ja terveystarkastusten tulokset ja se varoittaa koeparituksessa jos yhdistelmän sairausriskit, kuten myosiittiriski nousee liian korkeaksi. 

Lisäksi laajempaan ohjelmaan on yhdistetty koiran geneettisen monimuotoisuuden analyysi SNP-tekniikkaa käyttäen. Näytteenä on poskisolunäyte. Tämä ohjelman osuus kuuluu laajempaan kokonaisuuteen ja tulee oletettavasti myös maksamaan siinä vaiheessa kun se avataan kaikkien käyttöön. Näin ollen ohjelma voi tarjota nartulle mahdollisimman eriperimäisiä uroksia, jotka geneettisesti ovat nartusta mahdollisimman kaukana. Pilottivaiheessa suuri määrä koiria testattiin wisdom panelin avulla, ja mukaan otettiin myös ne koirat, joilla oli MyDog DNA tai Embark-tulos. Myöhemmät analyysit toteutetaan Embarkin avulla, joihin VHNK neuvottelee tarjouksen ja julkaisee ohjeet näytteen ottamiseen sekä toimintamallin siinä vaiheessa, kun neuvottelut ovat valmiit. 

VHNK suosittelee vahvasti kaikkia kasvattajia käyttämään Fit2Breedin beta-versiota jalostuksen apuna jotta tulevaisuudessa toteutetaan vain matalariskisiä yhdistelmiä polymyosiitin (ja muiden riskien) osalta. VHNK suosittelee myös tulevaisuudessa nojautumaan geneettisesti mahdollisimman monipuolisiin yhdistelmiin, joilla tunnetut sairausriskit pysyvät pieninä. Mahdollisimman eriperimäisten yhdistelmien etu on se, että potentiaalisten autoimmuuniperäisten sairauksien riskiä voidaan tällä vähentää. Tässä apuna on geneettisen monimuotoisuuden kartoitus, ulkomainen yhteistyö ja geenivaihto sekä monipuolinen jalostusyksilöiden käyttö.

Käyttäjätunnuksen tilaus tietokantaan onnistuu tästä.

Tietokanta: https://vhnk.fit2breed.nl/en

Lisätietoa Fit2Breedistä:

• Fit2Breed
• FAQ Fit2Breed

ZooEasy ja Club Register

VHNK kerää laajalti dataa kooikerhondjeista. Rodun historian ajan VHNK on ylläpitänyt laajaa Club Register -tiedostoa (pdf), joka päivitetään kaksi kertaa vuodessa. Tiedostoon on kerätty laajat tiedot kaikista kooikerhondjeiksi rekisteröidyistä koirista aina 1940-luvun kantakoiriin asti. Vuodesta 2012 lähtien käytössä on ollut myös digitaalinen tietokanta, joka pitää sisällään Club Registerin tiedot. Tietokanta on maksullinen. Lisätietoa tietokannan käyttöönotosta löytyy täältä.

Jalostuksessa huomioitavia terveystietoja kerätään tietokantoihin kasvattajien ja omistajien ilmoitusten perusteella. Ilmoita koirallasi / kasvatillasi diagnosoidusta sairaudesta, rakenteellisesta poikkeamasta, tms. ClubRegister-tietojen päivitys-lomakkeella. Voit lähettää lomakkeella tietoja ympäri vuoden. Jalostustoimikunta koostaa tiedoista yhteenvedon VHNK:lle kahdesti vuodessa, kun ClubRegisteriä päivitetään.

Lisätietoa ZooEasystä löytyy täältä.

Suomen Kennelliiton jalostustietojärjestelmä - Koiranet

Koiranet sisältää suomessa rekisteröityjen koirien terveys-, koe- ja näyttelytulokset.

Tietokanta: https://jalostus.kennelliitto.fi